En 1973, año en que se fundó el Centro de Investigaciones Superiores del Instituto Nacional de Antropología e Historia (CISINAH), ahora CIESAS, tuvo su sede inicial en la Ciudad de México, lugar que sigue siendo la residencia de la Dirección General y la sede que agrupa cerca del 50% de sus investigadores.

Actualmente  la institución cuenta con unidades de investigación y formación especializada ubicadas en el Distrito Federal y en seis estados de la república. Cinco Unidades Regionales, que son las s: Unidad Golfo (Xalapa, Ver.), Unidad Unidad Occidente (Guadalajara, Jal.), Pacífico Sur (Oaxaca, Oax.), Unidad Sureste (San Cristóbal de las Casasa, Chis.) y Unidad Peninsular (Mérida, Yucatán), y un Programa Regional, que es el Programa Noreste (Monterrey, Nuevo León).

De esta forma, el CIESAS ratifica su vocación de ser una institución con presencia tanto regional como nacional, que le ha permitido incidir en el desarrollo de las ciencias sociales en diversos estados de la República, realizar investigaciones con enfoque regional, impartir programas de enseñanza especializados y colaborar en diversas actividades con instituciones académicas en varios estados.